肠道微生态对于身体健康的影响重大，一些微生物的异常增长和代谢产物会加重行为障碍、疲劳、运动障碍、免疫功能障碍，这些微生物包括：细菌增长和酵母菌增生。
研究表明，芦荟具有抗微生物、抗病毒和抗真菌的特性。另外，芦荟中的化合物也是有效的抗氧化剂、消炎药、抗糖尿病药和癌症抑制剂。
多项实验证明：
· 40%浓度的芦荟汁已能有效遏制链球菌（如急性扁桃体炎、肺炎等）；
· 50%浓度或以上的芦荟汁已能有效遏制白色念珠菌（如白色斑块或阴道分泌物、痒）；
· 70%浓度的芦荟汁已能遏制大部分微生物；
· 80%濃度或以上的蘆薈汁已能有效對抗病毒，包括單純性皰疹及帶狀皰疹（如唇瘡）；
· 85%濃度或以上的蘆薈汁已能有效遏制真菌，包括皮癬菌、甲真菌等（如灰指甲、牛皮癬）；
· 80-100%浓度的芦荟汁能有效杀灭阴道毛滴虫（寄生于女性阴道之顽强寄生虫）。
